Nhiều nền mẫu có thành phần liên quan đến protein và peptide – các phân tử được cấu tạo từ chuỗi amino acid. Để phân tích chính xác hàm lượng amino acid, cần cắt đứt các liên kết peptide nhằm giải phóng amino acid tự do.

Quá trình này thường được thực hiện bằng thủy phân acid hoặc bazơ. Với phương pháp gia nhiệt truyền thống, thời gian thủy phân có thể kéo dài từ vài giờ đến vài ngày. Trong khi đó, thủy phân bằng vi sóng có thể rút ngắn thời gian xuống dưới 1 giờ, đồng thời hỗ trợ phân cắt hoàn toàn chuỗi peptide và cải thiện hiệu quả so với phương pháp truyền thống.